针对近期贸易摩擦频发的现象，《意见》还专门就贸易摩擦提出了指导意见。分析认为，面对贸易摩擦时，我国除了积极应对外，还应积极采取遏制措施。扩大技术和资金密集型的机电产品、高技术高附加值产品和节能环保产品出口。支持企业技术改造，提高劳动密集型产品出口质量、档次和附加值。控制高耗能、高污染产品出口。
    意见提出，规范和减少进出口环节收费。认真落实取消出口收汇核销单、进口付汇单、出口报关单退税联打印费用的规定，取消海关监管手续费。自2012年10月1日起至2012年12月31日，对所有出入境货物、运输工具、集装箱及其他法定检验检疫物免收出入境检验检疫费。2013年1月1日起，执行新的降低后的检验检疫收费标准。
    意见提出，逐步扩大一般贸易比重。引导加工贸易从沿海向内陆地区转移和向海关特殊监管区域集中，鼓励加工贸易企业延伸产业链、增值链，提高本地增值和本地配套的比重。
    另外，《意见》还支持企业开拓新兴市场。专家建议，新兴市场开拓需要更多想象力和魄力，我国应积极采用海外工程承包、以BOT等多种方式大步拓展。